Pare o serviço do Mysql
Crie um arquivo txt e grave ele no temp do windows com a seguinte linha de comando, SET PASSWORD FOR ‘root’@’localhost’ = PASSWORD(‘aqui coloca a senha’);
Abre o prompt do Dos como administrador, entre neste diretório C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\bin e escreve este comando, MYSQLD –INIT-FILE=”C:\\TEMP\OARQUIVO.TXT”