Configurando a área de trabalho remota para acessar os certificados eletrônico no servidor.
O certificado instalado no servidor quando é acessado a areá remota ele não enxerga o certificado. Se fosse o certificado A1 não aconteceria por que pode ser instalado no servidor.
Instale os driver do cartão ou do tokem, depois instale o gerenciador de certificados normalmente no servidor como você faz numa estação de trabalho, tem que ver no site da leitora e do certificado se tem para o Serve.
A mesma instalação feita no servidor tem que ser feita no teminal virtual.
Acesse o terminal serve e escolha a Opções:
Clique na aba Recursos Locais:
Clique em Mais.
Selecione as opções a seguir:
Faça o teste e veja se esta funcionando o seu certifica no terminal serve
Para testar:
Entre neste site https://cav.receita.fazenda.gov.br/eCAC/publico/login.aspx
Clique no botão Certificado Digital.
Espero ter ajudado, qualquer duvida comente que te responderei.